1.化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產(chǎn)量下降。 

2.化肥利用率低，氮肥因為易揮發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。 

3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。 

4.危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。 

5.化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 

6.化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環(huán)境的污染。 

7.從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。

8,過量使用化肥給農民帶來嚴重的收入損失。據(jù)抽樣調查,我國80%的農戶習慣憑傳統(tǒng)經(jīng)驗施肥,不考慮各種肥料性,盲目采用“以水沖肥”、“一炮轟”等簡單的施肥方法。全國有1/3農戶對作物過量施肥,導致農民種地投入不斷增加,雖然糧食產(chǎn)量增加,但增產(chǎn)不增收的現(xiàn)象越來越嚴重。有的地方由于長期過量使用化肥,只增加成本不增加產(chǎn)量,造成農產(chǎn)品品質低劣,使農民收入增加緩慢甚至降低其收入。 

9，影響作物品質。由于農田大量施用單元素化肥,其養(yǎng)分不能被作物有效地吸收利用。氮、磷、鉀等一些化學物質易被土壤固結,使各種鹽分在土壤中積累,造成土壤養(yǎng)分失調,部分地塊的有害重金屬含量和有害病菌量超標,導致土壤性狀惡化,作物體內部分物質轉化合成受阻,使農產(chǎn)品品質降低。超量使用化肥使果蔬生長性狀低劣,并且容易腐爛,不宜存放。

10，導致糧食和農產(chǎn)品受到威脅。過量使用化肥易使莊稼倒伏,而一旦出現(xiàn)倒伏,就必然導致糧食減產(chǎn),威脅中國的糧食;過量使用化肥還容易發(fā)生病蟲害。使用過量的氮肥,會使莊稼抗病蟲害能力減弱,易遭病蟲的侵染,繼而會增加防蟲害的農藥用量,直接威脅食品的性。一旦食用受污染的農產(chǎn)品,就會對人類身體造成嚴重威脅,引發(fā)中毒及誘發(fā)其他病癥。